1、结构区别:
多肽不具备空间结构，而蛋白质具有一定的空间结构。多肽指的是由多个α-氨基酸以肽键连接在一起而形成的化合物，是蛋白质水解的中间产物，由两个氨基酸脱水缩合形成的化合物叫二肽，以此类推有三肽、四肽．五肽等，通常情况下，10~100个氨基酸分子脱水缩合形成的化合物叫多肽，不具备空间结构;蛋白质是指由α-氨基酸按一定顺序排列结合而形成的一条多肽链，再由一条或多条的多肽链按其特定方式进行结合，形成的高分子物质，具有一定空间结构。
2、功能区别:
多肽一部分具有生物学活性，一部分不具有生物学活性;蛋白质都具有生物学活性。
3、内涵不同:
多肽一般是强调线性序列，即一级结构;蛋白质一般是强调一个三维空间结构的术语，即蛋白质具有二级结构、三级结构和四级结构。