1、组成不同，宝石是单晶体或双晶体矿物，玉石是由多种矿物质组成。宝石的组成较为单一，通常为单晶体结构，常见的有红宝石、钻石、蓝宝石、祖母绿；玉石的组成较为复杂，包含了多种矿物质元素，常见的有和田玉、翡翠、汉白玉等。
2、外观不同，宝石富有光泽，光彩度高，玉石润泽度强，有蜡质感。宝石的外观偏向于玻璃光泽，从不同角度看，会呈现出不同的光泽；玉石的外观较为圆润，有蜡状光泽或是油脂一样的光泽。
3、透明度不同，宝石透明度高，玉石透明度低。宝石的透明度在半透明到透明之间，而玉石的透明度在不透明到半透明之间。